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医院发展历史沿革
 1977年11月17日,中央军委批准组建民航北京医院。

1982年5月4日,民航北京医院正式开院。

1990年6月29日,民航局成立民航医学中心,下设民航北京医院、航空医学研究室、空勤体检队、中国民用航空卫生学校。

1995年8月31日,撤销民航医学中心,成立中国民用航空总医院。航空医学研究室、空勤体检队由民航总医院代管。1996年中国民用航空卫生学校停止招生,予以撤销。

1997年:北京医科大学教学医院

2000年12月4日,被批准为三级合格医院;

2002年10月10日,中国民用航空总医院更名为民航总医院。

2004年:北大医学部心血管内科硕士专业培养点

2007年:北京大学民航临床医学院,通过教育部本科教育评估

2009年:北大医学部耳鼻咽喉头颈外科硕士专业培养点

2010年:中国民用航空医学中心与民航总医院合并运行,实行一个机构两块牌子。合并后机构名称为中国民用航空局民用航空医学中心(民航总医院),下设临床医学部、民用航空医学研究所、民用航空体检鉴定所、教学培训部。

2011年:北京市住院医师规范化培训外科基地评审

2013年:北京市住院医师规范化培训内科基地评审

2014年:北大医学部临床检验诊断学、影像医学与核医学硕士培养点

2015年:北大医学部内分泌专业硕士培养点

2017年7月22日,民航医学中心航空医学综合大楼投入使用。